สำนักงานสาธารณสุขอำเภอนาดี ดำเนินการภายใต้โครงสร้างการบริหารราชการส่วนภูมิภาค โดยสำนักงานปลัดกระทรวง กระทรวงสาธารณสุข ได้กำกับดูแลตนเองที่ดีครอบคลุม 4 ด้าน คือ ด้านการปฏิบัติงานตามแผนปฏิบัติราชการ ด้านการเงินการป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบ ด้านการปกป้องผลประโยชน์ของประเทศและผู้มีส่วนได้ส่วนเสียและด้านธรรมาภิบาล นอกจากนี้ ยังมีระบบการกำกับในระดับสูงขึ้นไป เช่น อำเภอนาดี, เขตสุขภาพที่ 6, คณะกรรมการตรวจสอบและประเมินผลภาคราชการ(ค.ต.ป.), สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตในภาครัฐ (ป.ป.ท.) คณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (ค.ต.ง.)

อาศัยอำนาจตามความในมาตรา ๘ ฉ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. ๒๕๓๔ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่๔)พ.ศ. ๒๕๔๓รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุขออกกฎกระทรวงไว้ข้อ๒๑สำนักงานสาธารณสุขอำเภอมีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้

(๑) จัดทำแผนยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพในเขตพื้นที่อำเภอ

(๒) ดำเนินการและให้บริการด้านการแพทย์และการสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอ

(๓) กำกับดูแลประเมินผลและสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอเพื่อให้การปฏิบัติงานเป็นไปตามกฎหมายมีการบริการสุขภาพที่มีคุณภาพและมีการคุ้มครองผู้บริโภคด้านสุขภาพ

(๔) ส่งเสริมสนับสนุนและประสานงานเกี่ยวกับงานสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอให้เป็นไปตามนโยบายของกระทรวง

(๕) พัฒนาระบบสารสนเทศงานสุขศึกษาและการสื่อสารสาธารณะด้านสุขภาพในเขตพื้นที่อำเภอ