สำนักงานสาธารณสุขจังหวัดปราจีนบุรี มีกลุ่มงานที่รับผิดชอบตามภารกิจต่างๆ และมีบทบาทหน้าที่ตามคำสั่งในกลุ่มงาน จำนวน 13 กลุ่มงาน ได้แก่
| คำสั่ง แต่งตั้งคณะดำเนินงานตามนโยบายสำคัญของรัฐบาล กระทรวงสาธารณสุขและสำนักงานสาธารณสุข(C) | คำสั่งฯ ที่ 193/2562 |
| คำสั่งคณะกรรมการอำนวยการขับเคลื่อนชมรมจริจธรรมสำนักงานสาธารณสุขจังหวัด | คำสั่งฯ ที่ 184/2562 |
| กลุ่มงานบริหารทั่วไป | คำสั่งฯ ที่ /2562 |
| กลุ่มงานพัฒนายุทธศาสตร์สาธารณสุข | คำสั่งฯ ที่ 214/2562 |
| ผช.วิไลรัตน์ โรจนสกุล | คำสั่งฯ ที่ /2562 |
| กลุ่มงานส่งเสริมสุขภาพ | คำสั่งฯ ที่ /2562 |
| กลุ่มงานควบคุมโรคติดต่อ | คำสั่งฯ ที่ /2562 |
| กลุ่มงานิติการ | คำสั่งฯ ที่ 170/2562 |
| กลุ่มงานคุ้มครองผู้บริโภคและเภสัชสาธารณสุข | คำสั่งฯ ที่ 178/2562 |
| กลุ่มงานประกันสุขภาพ | คำสั่งฯ ที่ 176/2562 |
| กลุ่มงานพัฒนาคุณภาพและรูปแบบบริการ | คำสั่งฯ ที่ 153/2562 |
| กลุ่มงานทันตสาธารณสุข | คำสั่งฯ ที่ /2562 |
| กลุ่มงานบริหารทรัพยากรบุคคล | คำสั่งฯ ที่ /2562 |
| กลุ่มงานอนามัยสิ่งแวดล้อมและอาชีวอนามัย | คำสั่งฯ ที่ 152/2562 |
| กลุ่มงานควบคุมโรคไม่ติดต่อ สุขภาพจิตและยาเสพติด | คำสั่งฯ ที่ /2562 |
| กลุ่มงานการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก | คำสั่งฯ ที่ /2562 |
----------------------